Los registros más antiguos de la existencia del didyeridú se remontan a unos mil quinientos años atrás. En la región de Ginga Wardelirrhmeng, al norte de la Tierra de Arnhem, se puede ver una pintura que muestra a una persona tocando el didyeridú y dos cantantes participando de una ceremonia Ubarr. Sin embargo, la leyenda afirma que los Yolngu lo utilizan desde hace decenas de miles de años.

Se cree que el instrumento fue adaptado en Australia a partir de algún instrumento de origen asiático, producto del comercio entre ambos continentes. Esto explicaría por qué su uso originalmente se limitaba a las culturas presentes en el extremo norte del país.

Hasta bien entrado el siglo XX, incluso en la década de 1930, el didyeridú era un instrumento exclusivamente conocido en la región norte de Australia. Fue en esta época en la que el antropólogo Donald Thompson, de la Universidad de Melbourne, visitó la Tierra de Arnhem y trajo consigo varios artefactos culturales de los pueblos de la región, entre ellos los primeros didyeridú o “yidaki”. De esta forma el instrumento se difundió al resto del país, incluyendo otras culturas aborígenes.

Durante la década de 1960, fue el músico David Blanasi quien se encargó de difundir el uso del didyeridú en Occidente. Con la ayuda del famoso comediante Rolf Harris, Blanasi se dedicó a popularizar durante varias décadas el didyeridú en el resto del globo, especialmente a través de sus giras. Muchos artistas y grupos de música comenzaron a adoptarlo, y ya en los años de 1980 se encontraba entre la paleta de sonidos de la música occidental. Artistas como Kate Bush, Peter Gabriel, Test Department, y Steve Roach, entre otros, lo utilizaron en sus grabaciones.

Hoy en día es posible encontrar didyeridús en tiendas de instrumentos de todo el mundo, aunque raramente están fabricados con los materiales y técnicas tradicionales de las culturas del norte de Australia.